Le Lycée Privé Bethesda comprend le premier et le second cycle. Il est agréé par le Ministère de L'Enseignement Secondaire et Supérieur et est soumis aux lois et décrets qui régissent l'Enseignement au Burkina Faso. Toutefois, sa nature d'Etablissement privé lui permet de garder son caractère et sa finalité propre.

Les élèves admis au Brevet d'Etude du Premier Cycle (B.E.P.C) ont la possibilité de suivre selon leurs aptitudes intellectuelles :

• En Enseignement Général : un cursus littéraire (2nde A) ou scientifique (2nde C) pour l’obtention d’un BAC A ou D uniquement.
• En Enseignement Technique et professionnel : la filière AB3 pour l’obtention d’un BAC G2 et la filière COUPE/COUTURE pour l'obtention d'un Certificat de Qualification Professionnelle (CQP) en 2 ans.

L'inscription est conditionnée par l'accord de la direction de l'établissement après analyse du dossier de l'élève.